Dados do Trabalho

Título

Identificação da circulação da variante Beta (B.1.351) do SARS-CoV-2 na cidade de São Paulo - Brasil.

Introdução

Desde o início da pandemia de SARS-CoV-2, o surgimento de novas variantes a partir de mutações benéficas para o vírus tem causado preocupação para a saúde pública a nível mundial. As variantes de interesse e preocupação que surgiram durante a pandemia foram a Alpha (B.1.1.7), a Beta (B.1.351), a Gamma (P.1), a Delta (B.1.617) e a Omicron (B.1.1.529). Tendo as novas variantes capacidade de substituir a circulação na população da variante anterior, causando novas ondas de infecções. Diante da predominância de casos causados por uma variante, há circulação contínua de outras em menor frequência. As mutações E484K e K417N presentes na variante Beta, localizadas na proteína Spike do genoma do SARS-CoV-2, favorecem a entrada do vírus na célula e a evasão por anticorpos neutralizantes, levando a um possível escape da vacina

Objetivo (s)

Detectar variantes designadas de preocupação, diante do domínio de transmissão de outra variante

Material e Métodos

Amostras de swab naso-orofaríngeo referente a semana epidemiológica 7 a 43 de 2021, foram obtidas da Secretaria de Saúde do Município de São Paulo (Comissão Nacional de Ética em Pesquisa - protocolo número CAAE 30127020.0.0000.0068). Realizamos a genotipagem através da RT-qPCR a partir do RNA extraído, para detecção de mutações importantes para identificação das variantes do SARS-CoV-2. O sequenciamento genético para confirmação da variante foi realizado na plataforma Oxford Nanopore Technologies, com o protocolo LoCost. As sequências consenso foram submetidas a uma verificação de controle de qualidade através do Nextclade.

Resultados e Conclusão

Seis mil e noventa e sete amostras foram testadas por RT-qPCR, três amostras foram positivas para as mutações K417N e E484K, indicando tratar-se da variante Beta. Essas amostras foram coletadas em maio de 2021 e oriundas de indivíduos moradores das regiões sul e leste da cidade de São Paulo. Foi possível gerar duas novas sequências genômicas completas pertencentes à linhagem Beta. Nossa análise filogenética revelou uma provável relação entre 7 sequências brasileiras. As amostras são similares, pois estão próximas em clusters. As sequências de São Paulo estão próximas e em um cluster com sequências africanas basais.

Palavras-chave

SARS-CoV-2. Beta variant. Circulation. Brazil.

Agradecimentos

This project was supported by a Medical Research Council-São Paulo Research Foundation (FAPESP) CADDE partnership award (MR/S0195/1 and FAPESP 18/14389-0) (http://caddecentre.org/).
FAPESP (2021/13280-8 )
Prefeitura de São Paulo
Laboratório DASA