Dados do Trabalho

Título

Estudo comparativo do desempenho de sete ensaios de PCR em tempo real com transcrição reversa (RT-qPCR) para detecção de SARS-CoV-2 em material biológico de pacientes com suspeita de COVID-19 em São Paulo, Brasil

Introdução

O teste recomendado para o diagnóstico laboratorial da COVID-19 é o teste molecular de PCR em tempo real com transcrição reversa (RT-qPCR) que amplifica sequencias do RNA do vírus SARS-CoV-2, permitindo sua identificação. Existem vários kits de diagnóstico molecular no mercado nacional e internacional que detectam diferentes sequencias do RNA viral, empregando diferentes tipos de sondas fluorescentes e condições de ciclagem.

Objetivo (s)

O objetivo do trabalho foi comparar o desempenho de sete kits/ensaios de RT-qPCR por meio de avaliação da sensibilidade, especificidade e concordância em amostras clínicas de pacientes com suspeita de COVID-19 derivadas da assistência em São Paulo, Brasil.

Material e Métodos

Um total de 205 amostras nasofaríngeas/orofaríngeas de casos suspeitos de COVID-19 foi testado usando os seguintes ensaios: (i) GeneFinder COVID-19 plus RealAmp kit; (ii) 2019-nCoV RNA PCR-Fluorescence Probing, Da An Gene Co.; (iii) in house RT-qPCR SARS-CoV-2, Instituto Adolfo Lutz (IAL); (iv) 2019-nCoV kit, IDT; (v) molecular SARS-CoV-2 (E) kit, Bio-Manguinhos; (vi) Allplex 2019-nCoV modified Assay, Seegene Inc; (vii) Biomol One-Step COVID-19 kit, IBMP. Os critérios para determinar um resultado positivo verdadeiro para SARS-CoV-2 incluiram os valores de cut-off do cycle threshold (Ct), as características das curvas exponenciais/lineares e resultado positivo em pelo menos dois ensaios.

Resultados e Conclusão

A sensibilidade geral dos ensaios avaliados foi GeneFinder 83,6%, Da An Gene 100,0%, IAL in house 90,4%, IDT 94,6%, Bio-Manguinhos 87,7%, Allplex 97,3% e IBMP 87,7%. O gene alvo com menor sensibilidade foi RdRP. A especificidade foi de 100% para os kits GeneFinder, Bio-Manguinhos, Allplex e IBMP; 99,25% para IDT e IAL in house e 97,78% para Da An Gene. Embora todos os ensaios tivessem um índice Kappa de Cohen ≥0,893, os melhores testes compreenderam ensaios multiplex tendo como alvos genéticos N e/ou E.
Todos os ensaios apresentaram alta sensibilidade e acurácia para o diagnóstico, mas considerando a relação custo-efetividade (custo, consumo de tempo e reagentes, número de amostras testadas, facilidade de desempenho, sensibilidade, resultados imediatos), o ensaio IAL in house provou ser ideal para o diagnóstico de COVID-19 em amostras encaminhadas ao IAL, São Paulo.

Palavras-chave

COVID-19, SARS-CoV-2, reação em cadeia da polimerase em tempo real, kit de reagentes para diagnóstico

Agradecimentos

Grupo de trabalho COVID-19 do IAL; Secretaria de Estado da Saúde de São Paulo; Instituto Butantan; CGLAB, SVS, Ministério da Saúde