Dados do Trabalho

Título

Exclusões evolutivas no genoma do SARS-CoV-2 como tendências de assinatura para adequação e adaptação viral

Introdução

Os coronavírus são uma família de grandes vírus de RNA, com potencial de infectar e se espalhar entre humanos e animais. Entre eles, o SARS-CoV-2, causador da COVID-19, foi inicialmente identificado em dezembro de 2019. Ao longo do tempo, o vírus passou por processos evolutivos nos quais foram observadas deleções em regiões genômicas específicas. Embora essas deleções possam ter um impacto negativo na capacidade viral, algumas delas persistem e se disseminam, sugerindo vantagens adaptativas para a evolução viral.

Objetivo (s)

Explorar o potencial da perda de nucleotídeos como assinatura genética marcante durante a evolução do SARS-CoV-2, assim como a tendência de adaptação e reformulação evolutiva.

Material e Métodos

Genomas representativos de alta qualidade (n = 5.116.266) foram obtidos do banco de dados GISAID EpiCoV. A seleção das sequências foi realizada com base no parâmetro 'QC status = good' do programa Nextclade CLI v.2.4.0. A correlação entre a variação dos nucleotídeos e o tempo foi analisada por meio do coeficiente de correlação de Spearman (ρ).

Resultados e Conclusão

Uma diminuição gradual do tamanho das sequências durante todo o tempo de análise foi observada, evidenciando a perda de elementos ao longo da evolução natural do SARS-CoV-2. Os dados demonstraram uma correlação fraca e negativa (-0,31; intervalo de confiança de 95% [IC]: -0,31; -0,31) com um nível de significância de 0,1%. Os eventos de deleção em todo o genoma permitiram identificar genes específicos com elevada entropia (ORF1ab, S, ORF7a, ORF8 e N) e padrões diferentes no genoma ao longo do tempo. Deleções genéticas são um mecanismo pouco explorado de diversidade genética, mas podem ajudar a entender a função de genes considerados não essenciais. Em vírus, as deleções podem ter efeitos variados. Em proteínas acessórias como ORF3a e ORF8 do SARS-CoV-2, as deleções estão relacionadas a menor virulência e infecções mais leves. Embora não sejam essenciais para a replicação viral, os genes acessórios influenciam a disseminação e infectividade do vírus. Deleções em proteínas estruturais, como a proteína Spike, geralmente ocorrem em regiões específicas e estão associadas a maior capacidade de transmissão. Essas deleções fazem parte da evolução do vírus e influenciaram o surgimento de novas variantes. Estudos mais abrangentes são necessários para entender melhor como as proteínas virais perdem elementos, mantendo ou melhorando sua função.

Palavras-chave

SARS-CoV-2, GISAID, deleções, evolução adaptativa.

Agradecimentos

Sem financiamento