Dados do Trabalho

Título

Prevalência de variantes de SARS-CoV-2 no estudo de expansão das estratégias de testagem de COVID-19 em Salvador (Projeto TQT-COVID-19)

Introdução

A vigilância genômica de microrganismos é de extrema importância para a compreensão da evolução e disseminação de patógenos. O surgimento de novas variantes e a administração de vacinas tem mudado o cenário epidemiológico e clínico da COVID-19 (C19), reforçando a necessidade dessa vigilância para o monitoramento da infecção e para tomada de decisões.

Objetivo (s)

O objetivo dessa investigação foi identificar as variantes circulantes do SARS-CoV-2 em um estudo de expansão das estratégias de testagem, quarentena e telemonitoramento da C19 (TQT-C19) em Salvador - Brasil.

Material e Métodos

Analisou-se dados de 299 participantes do Projeto TQT que testaram positivo para C19 entre julho e agosto de 2022. Foram utilizadas amostras de swab nasal positivas no teste qPCR. Critérios como presença ou não de sintomas, vacinação (ao menos uma dose versus sem vacinação), e se a amostra apresentava o Ct (cycle threshold) menor do que 30 na análise de qPCR, foram utilizadas para a seleção das amostras submetidas para sequenciamento de variantes. Foram sequenciadas 94 amostras utilizando a tecnologia Oxford Nanopore MinION.

Resultados e Conclusão

Observou-se que a maioria dos participantes era mulher cis (67,6%), com idade entre 20 e 59 anos (81,9%), de raça/cor parda (45,8%), e que relataram pelo menos a primeira dose de reforço da vacina contra C19 (49,2%). Após o sequenciamento das variantes e a análise do genoma viral, identificamos uma prevalência das seguintes variantes do tipo ômicron: BA.4.1 (32%), BA.5.2 (23%), BA.4 (18%), BA.5 (10%), BA.5.1 (5%), BA.5.1.15 (3%), BF.39 (3%), BA.2 (1%), BA 4.8.1 (1%), BF.10 (1%) e BF.31 (1%). Duas amostras tiveram variantes consideradas indeterminadas. Foi verificado uma maior diversidade de variantes no mês de julho comparado ao mês de agosto de 2022, sugerindo que vários eventos de introdução de variantes possam ter ocorrido no período estudado.
Identificamos cepas específicas de C19 circulantes em Salvador. Esses dados podem auxiliar os sistemas de vigilância locais no monitoramento da circulação das cepas, em especial as variantes de maior infectividade e virulência, para identificação precoce de surtos, orientação do tratamento médico e desenvolvimento de medidas de controle e prevenção mais eficazes.

Palavras-chave

SARS-CoV-2, sequenciamento, vigilância genômica e epidemiológica

Agradecimentos

UNITAID, Departamento de Doenças de Condições Crônicas e Infecções Sexualmente Transmissíveis do Ministério da Saúde do Brasil e CNPQ