Dados do Trabalho

Título

Customização e validação de ensaios de inferência molecular para rastreio e detecção de sublinhagens da VOC Ômicron (BA.4 e BE.9) de SARS-CoV-2

Introdução

O elevado número de casos de SARS-CoV-2 não sequenciados, sobretudo a partir de meados de 2022, evidencia a necessidade da utilização de estratégias adicionais ao Sequenciamento de Nova Geração (NGS) para complementar a vigilância genômica da COVID-19 no país, como a utilização de ensaios de genotipagem de assinaturas moleculares virais.

Objetivo (s)

Customizar e validar ensaios de inferência molecular baseados em qPCR para detecção de sublinhagens da VOC Ômicron (BA.4 e BE.9) circulantes no país a partir de meados de 2022.

Material e Métodos

Foram utilizadas amostras clínicas de SARS-CoV-2 cedidas pelo Laboratório de Assistência Diagnóstica da COVID-19 (LBM-COVID/HEMOCE/FIOCRUZ) e pela Unidade de Apoio ao Diagnóstico da COVID-19 (Unadig/FIOCRUZ), coletadas no estado do Ceará nos meses de junho e julho (prevalência das sublinhagens BA.4 e BA.5) e nos meses de novembro e dezembro (prevalência das sublinhagens de BE.9 e BQ.1). O ensaio dupla-sonda para diferenciação de BA.4 (Taqman_ORF1adel9-686_BA.4) foi desenhado utilizando o software Genious e sintetizado pela IDT, enquanto para o ensaio para diferenciação de BE.9 (SYBR ORF7a_244del_BE.9) foram utilizados primers do ARTIC V4 (92L e 92R). Utilizou-se os kits comerciais SARS-Cov-2 EDx (Biomanguinhos) e GoTaq® 1-Step RT-qPCR System com fluoróforo BRYT Green® Dye (Promega), respectivamente. As amostras foram sequenciadas pela Rede Genômica da Fiocruz (plataforma Illumina MiSeq e NextSeq 1000/2000).

Resultados e Conclusão

O ensaio Taqman_ORF1adel9-686_BA.4 apresentou a seguinte sequência: F: ACGGTAATAAAGGAGCTGGTGG; R: GGATCAGTGCCAAGCTCGTC; P1: SUN/CGGCGCCGA/ZEN/TCTAAAGTCA; P2: FAM/CGGCGCCGA/ZEN/TCTAGACTT, com concordância de 91,1% com o padrão-ouro NGS (n=93/102), (sensibilidade: 95%; especificidade: 98,7%). Para o ensaio SYBR ORF7a_244del_BE.9, houve concordância de 87,8% com o NGS (n=144/164), (sensibilidade: 88%; especificidade: 96,6%). A aplicação dos ensaios em larga escala (n=1.722) e em tempo real permitiu a geração de dados importantes para a compreensão do cenário epidemiológico do estado em meses com expansão de novas linhagens e aumento nos números de casos de COVID-19, agindo como uma importante ferramenta para o fortalecimento da vigilância genômica de vírus respiratórios.

Palavras-chave

Genotipagem, vigilância genômica, COVID-19

Agradecimentos

Ministério da Saúde, DECIT, CDC, FIOCRUZ, Funcap